# ========= [ PacBio Subreads Analysis] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: Q20_P3_bc1_A15A20AT20.bam
# seq_deb : CATGTAGTC
# seq_fin : TCTCT
# MS_seq : A
# excl : C,G,T
# nom  : A15
# ExtFile : BAM
# log file: Q20_P3_bc1_A15A20AT20.A15.seq.log
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#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: CATG.AGTCA.+AAAAA.+A.CTCT|CATG.AGTCA.+AAAAA.+AT.TCT|CATG.AGTCA.+AAAAA.+ATC.CT|CATG.AGTCA.+AAAAA.+ATCT.T|CATG.AGTCA.+AAAAA.+ATCTC.|CATGT.GTCA.+AAAAA.+A.CTCT|CATGT.GTCA.+AAAAA.+AT.TCT|CATGT.GTCA.+AAAAA.+ATC.CT|CATGT.GTCA.+AAAAA.+ATCT.T|CATGT.GTCA.+AAAAA.+ATCTC.|CATGTA.TCA.+AAAAA.+A.CTCT|CATGTA.TCA.+AAAAA.+AT.TCT|CATGTA.TCA.+AAAAA.+ATC.CT|CATGTA.TCA.+AAAAA.+ATCT.T|CATGTA.TCA.+AAAAA.+ATCTC.|CATGTAG.CA.+AAAAA.+A.CTCT|CATGTAG.CA.+AAAAA.+AT.TCT|CATGTAG.CA.+AAAAA.+ATC.CT|CATGTAG.CA.+AAAAA.+ATCT.T|CATGTAG.CA.+AAAAA.+ATCTC.|CATGTAGT.A.+AAAAA.+A.CTCT|CATGTAGT.A.+AAAAA.+AT.TCT|CATGTAGT.A.+AAAAA.+ATC.CT|CATGTAGT.A.+AAAAA.+ATCT.T|CATGTAGT.A.+AAAAA.+ATCTC.
# condiSet1: s/\t.*CATG.AGTCA/\tA/;s/\t.*CATGT.GTCA/\tA/;s/\t.*CATGTA.TCA/\tA/;s/\t.*CATGTAG.CA/\tA/;s/\t.*CATGTAGT.A/\tA/
# condiSet2: s/A.CTCT.*$/A/;s/AT.TCT.*$/A/;s/ATC.CT.*$/A/;s/ATCT.T.*$/A/;s/ATCTC..*$/A/
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